原産地証明書とは？EPA用と一般用の違い・取得方法・自己申告との使い分け

1. 原産地証明書の2つの種類

一般の原産地証明書では、EPAの税率は適用されません。EPAを使いたいのに一般の証明書を取得してしまうミスがあるため、買い手から依頼を受けたら目的を確認しましょう。

2. EPA用の証明書を取得する流れ（日本から輸出）

1. 適用する協定と品目の確認：輸出先の国と結んでいるEPAと、品目のHSコード、協定の税率を確認します。
2. 原産地の基準を満たすかの確認：協定ごとに定められた基準（関税分類の変更、付加価値の割合など）を満たすかを、材料や製造工程の資料で確認します。
3. 企業登録：日本商工会議所に、申請する事業者として登録します。
4. 原産品判定の依頼：品目ごとに、原産品であることを示す資料を添えて判定を依頼します。
5. 証明書の発給申請：判定を受けた品目について、輸出の都度、発給を申請します。

手続きの詳細は日本商工会議所の特定原産地証明書の案内で確認できます。材料の仕入先から、原産地に関する情報を得る必要がある場合もあるため、時間に余裕を持って準備しましょう。

3. 自己申告制度との使い分け

一部のEPAでは、第三者機関が発行する証明書の代わりに、輸出者・生産者・輸入者が自ら原産地を申告する方法が認められています。

• 自己申告が使われる協定の例：CPTPP、日EU EPA、日英EPA、RCEPなど。協定によって、申告できる人や書式が異なります。
• 日EU EPA：証明書の発給制度はなく、自己申告で原産地を示します。詳しくはEUへの輸出ガイドをご覧ください。
• 根拠資料の保存：自己申告でも、原産地の基準を満たすことを示す資料を保存し、税関から確認を求められたときに提出できるようにしておく必要があります。

同じ国との取引で複数の協定を使える場合は、税率と手続きの負担を比べて選びます。EPAの全体像はEPA/FTAの解説にまとめています。

4. 一般の原産地証明書

一般の原産地証明書は、各地の商工会議所で発行されます。輸出者がインボイスなどの資料を添えて申請し、記載内容の証明を受けます。中東・アフリカなどの一部の国では、輸入通関や信用状の条件として求められることがあります。

信用状（L/C）で原産地証明書が求められている場合は、記載内容が信用状の条件と一致しているかを特に確認します。信用状の解説もご覧ください。

5. 輸入時に確認すること

海外から輸入する貨物にEPAの税率を適用するには、輸入申告の際に、原産地を証明する書類（相手国の機関が発行した証明書、または自己申告の書類）を提出します。

第三国の会社がインボイスを発行する取引（三国間貿易）では、協定によって特別な記載が必要になる場合があります。不備があるとEPA税率が適用されず、通常の税率で納税することになるため、書類は出荷前に写しで確認しましょう。

6. よくある質問

原産地証明書は輸入後に提出しても間に合いますか？

原則として輸入申告の際に提出します。協定や状況によって後から手続きできる場合もありますが、通関業者に事前に相談してください。

「Made in Japan」と表示されていれば日本原産ですか？

EPAの原産地の基準は、表示とは別に協定ごとに定められています。材料の産地や加工の内容によっては、EPA上の原産品と認められない場合があります。

原産地証明書の取得にはどれくらい時間がかかりますか？

初めての品目は、企業登録や原産品判定に時間がかかります。継続して輸出する品目は、判定済みであれば発給申請のみで済みます。